第二层次是落实责任，制定整改落实方案。在制定整改落实方案时，以区委常委会和各单位领导班子分析检查报告为依据，针对查摆出来的问题，按照“四明确一承诺”要求，从群众最盼、最忧、最难的问题入手，正确处理办实事与抓大事、轻重与缓急、当前与长远、现实与可行的关系，制定切合可行的整改方案，同时，整改方案初稿形成后，采取专栏张贴、网上公开等形式，向党员干部、群众、社会各界等公布整改方案，听取有关方面的意见，并进行分析研究吸收，修改完善整改落实方案。
第三层次是破难建制，创新体制机制。按照“废止一批、完善一批、建立一批”的要求，一方面认真清理上下之间、部门之间、部门内部之间职能交叉、关系不顺、多头管理、程序繁杂等制约和阻碍科学发展的矛盾问题，对现有的各项政策措施、意见办法、规章制度进行系统清理，按照精而管用的原则开展“废、改、立”工作，对那些不适应发展形势的制度措施，及时果断予以废止，需完善的及时修订完善，需新建的抓紧时间出台。同时进一步创新体制机制，抓紧制定一批解决战略问题、宏观问题、构架问题的政策措施和规章制度，特别是建立健全科学决策、创业创新、产业优化、环境保护、统筹协调、民生保障、文明创建、促进和谐、加强党建和考核评价等机制，初步建立健全有利于科学发展的长效机制。
第四层次是解决问题，狠抓整改落实。全区各单位要对照群众的要求，选准突破口，整合资源、集中力量解决制约科学发展的突出问题、群众关注的难点问题以及党员干部在党性党风党纪方面的热点问题。重点解决全区推进新一轮改革开放、提高自主创新能力、转变发展方式、产业转型升级、经济结构调整和加强基层基础建设等方面存在的突出问题；解决科学发展的现代化中心城区建设以及“平安海曙”建设中存在的难点问题；解决群众在子女上学、就医看病、就业创业、住房和土地征用、拆迁补偿、环境污染等方面的实际问题；解决一些党员干部存在的大局意识、责任意识、群众意识不强，作风拖拉、办事效率不高等群众反映多的问题。
